Historia szkolnictwa w Czernikowie zaczyna się wraz z czasami nowożytnymi. Istnieje pierwsza wzmianka o szkole przyparafialnej w XV w. i w kolejnych. W zaborze rosyjskim szkoła powstała w 1865 roku, a już pod koniec wieku pobudowano budynek z cegły - siedzibę szkoły i kierownictwa. Pierwszym znanym i dobrze zapisanym w społeczności nauczycielem (o czym świadczy napis na pomniku) był Zygmunt Sołtykiewicz. Środowisko włączyło się w akcję Polskiej Macierzy Szkolnej w 1907 roku, a w 1916 za kolejnego kierownictwa Stefana Kołaczyńskiego powstała Polska Katolicka Szkoła Ludowa. Jako jednoklasówka (przy stanie znacznie ponad 100 uczniów) rozpoczęła działalność w odrodzonej ojczyźnie, a już w początkach lat dwudziestych funkcjonowała jako dwuklasowa, czteroklasowa, by sięgnąć pełnej szkoły sześcioklasowej w coraz prężniej rozwijającej się miejscowości. Od razu pojawiły się kłopoty lokalowe, trzeba było wynajmować w odległych miejscach dwie izby w siedzibie Zarządu Gminy i dwie przy rynku u prywatnych obywateli. Nauczyciele dokształcali się, należeli do społeczników zaangażowanych w życie społeczności lokalnej. Kierownik Stefan Kołaczyński prezesował Ochotniczej Straży Pożarnej w Czernikowie, był inicjatorem budowy remizy OSP w 1926, prowadził lokalną działalność charytatywną. Podjął z innymi inicjatywę budowy nowego budynku szkoły. Pan Jan Klimczewski prowadził teatr. Ciekawą postacią był Teodor Usenko, poliglota, gawędziarz, członek OSP. Pan Jan Suski organizował uroczystości państwowe, zawody sportowe, prowadził męską drużynę harcerską i Związek Strzelecki, był radnym. Pani Kazimiera Suska (z domu Lewandowska) prowadziła żeńską drużynę harcerską i brała udział w pracach Związku Obywatelskiego Kobiet. Poza życiem sportowym i harcerskim rozwijała się turystyka, odbywały się wycieczki do Zakopanego. Wojna przerwała rozwój już siedmioklasowej szkoły i budowę nowej. Nauczycieli (panów Kołaczyńskiego, Suskiego i Klimczewskiego) spotkał los najtragiczniejszy. 17 października 1939 aresztowani na rzekomej konferencji trafili do obozów koncentracyjnych i wszyscy nie wrócili. Potajemnie uczono zaprzyjaźnione rodziny. W budynku szkolnym funkcjonowała szkoła dla Niemców, a przez rok szkoła niemiecka dla polskich dzieci. W początku lutego 1945 roku staraniem pierwszego kierownika pana Stefana Ziemkiewicza i pani Kazimiery Suskiej rozpoczęła działalność szkoła polska, bez sprzętów i zaplecza, na trzy zmiany. Od razu w 1946 roku sprowadzono barak ze Śląska, a od 1948 roku rozpoczęto budowę nowej szkoły, najpierw w czynie społecznym. Duży wkład wnieśli: Jan Łysakiewicz, ówczesny wójt Wincenty Dąbrowski i S. Ziemkiewicz. Szkołę oddano do użytku w 1951 roku, a w niecałe pół roku trzeba było zmienić konstrukcję dachową. Za kierownictwa Zygmunta Gałkowskiego w latach 60-tych zbudowano salę gimnastyczną i łącznik. Kolejno dyrektorami byli: Alfred Rapkiewicz, Zbigniew Padlewski, Jan Buczyński. Szkoła zmieniła oblicze. Kolejne reformy i zaangażowanie nauczycieli przyczyniły się do znacznego poszerzenia oferty edukacyjnej. W szkole prowadzono zajęcia dodatkowe. Dużym zainteresowaniem cieszyło się koło modelarskie pani Filemony Łaskiej, koło taneczne pani Kazimiery, a potem Aldony Suskiej, zespoły sportowe LZS. Największe osiągnięcia sportowe mieli uczniowie pod wodzą Pani Marii Donarskiej na przełomie lat 60/70-tych. Łyżwiarze w Błękitnej Sztafecie plasowali się w czołówce województwa i krótko kraju. Potem były inne sukcesy sportowe w powiecie i czasem województwie (LA, przełaje,piłka ręczna, siatkowa, nożna). Uczniowie zajmowali czołowe lokaty w olimpiadach przedmiotowych (polonistycznej, historycznej, języka rosyjskiego, matematycznej), konkursach plastycznych, recytatorskich i regionalnych. Bardzo aktywnie działały organizacje szkolne - szczególnie harcerstwo, drużyny wielokrotnie zdobywały miano drużyny sztandarowej, istniał nawet hufiec Czernikowo. W 1989 roku społeczność szkolna zdobyła imię Krzysztofa Kamila Baczyńskiego. Dwa lata później odsłonięto pomnik ku czci pomordowanych nauczycieli. Były święta 10-lecia nadania imienia i wręczenia sztandaru, 50-lecia budynku, w tradycji szkoły jest Święto Patrona. Odbywa się wiele imprez szkolnych i uczniowie uczestniczą w środowiskowych. Są organizowane różne konkursy szkolne i gminne (plastyczne, recytatorskie, muzyczne, historyczne, regionalne, sportowe). Uczniowie aktywnie (często udanie) uczestniczą w konkursach powiatowych i wojewódzkich, ogólnopolskich. Odbywają się akcje środowiskowe, charytatywne (np. WOŚP), otwarto ścieżkę rowerową, zorganizowano warsztaty Ścieżką po Gminie, powstały prace o historii szkoły, gminy, o zabytkach, płyta komputerowa. Szkoła włączyła się do reformy, działa WDN, nauczyciele podejmują kolejne wyzwania reformy, systematycznie dokształcają się i doskonalą, pogłębiają swoje kwalifikacje, organizują akcje, projekty i programy, np. Przeciw Agresji, Dzień Ziemi, Dni Europejskie. Podejmują różnorodne inicjatywy, by sprostać wyzwaniom współczesności i przygotować uczniów do życia we współczesnym świecie.